Im Jahr 1809 wurde Landshut zwischen dem 16. und 21. April zum Kriegsschauplatz. Am 16. April kam es um Landshut zu Scharmützel zwischen den Österreichern und bayerischen Truppen unter Generalleutnant Deroy. Schwere Schäden und zahlreiche Opfer waren zu beklagen.
Während der folgenden Tage marschierten viele Truppen durch die Stadt. Als am 20. April 1809 die Österreicher bei Abensberg geschlagen worden waren, versuchten sie am 21. April zumindest Landshut zu halten. Aber sie waren dem Ansturm der französischen und bayerischen Truppen nicht gewachsen und flohen nach heftigen Kämpfen aus der Stadt. Beim Rückzug zerstörten sie die Isarbrücken und beschädigten das Äußere Isartor bei Hl. Geist, das später abgebrochen werden musste. Bei dieser Auseinandersetzung fiel der bayerische General von Zandt, dessen Grab sich bis heute im Landshuter Hauptfriedhof befindet.
Gegen Abend erschien Napoleon in Landshut und verbrachte die Nacht auf den 22. April 1809 in der Stadtresidenz.
Der Schriftsteller Johann Nepomuk Ringseis schrieb dazu, dass er Napoleon und seine bedeutenden Generäle in Landshut einfahren sah und alle verwundert an dem hohen schlanken Martinsturm hinauf geblickt hätten. Im Oktober des gleichen Jahres hielt sich Napoleon ein zweites Mal in der Stadt auf.
1809 gehört zu den schlimmsten Kriegsjahren, die Landshut im Laufe seiner Geschichte zu ertragen hatte.