Napoleon Bonaparte traf am Morgen des 20. April 1809 in Abensberg ein. Bereits am Tag rückten die Österreicher von Südosten her Richtung Abensberg vor. Die Vorhut kam bis vor die Tore der Stadt. Erst um die Mittagszeit traf die bayerische Division Kronprinz in Abensberg ein und nahm bei der Stadt Aufstellung. Daraufhin griff der österreichische General Thiery an und wurde zwischen Abensberg und Arnhofen zurück geschlagen. Besonders verlustreich war das Aufeinandertreffen von österreichischer und bayerischer Kavallerie bei Arnhofen. Der Abensberger Stadtpfarrer berichtet nach diesem Gefecht von einem schwer verwundeten österreichischen Dragoner. Dieser habe einen Bauern aufgefordert ihm mit dem Messer das zerschossene Bein abzuschneiden. Als dieser sich weigerte, nahm der Dragoner das Messer und schnitt sich das Bein selbst ab.
Das zweite Gefecht des 19. Aprils ereignete sich an der Abens zwischen Biburg und Siegenburg. Das fünfte österreichische Armeekorps hinderte die bayerischen Truppen unter General Wrede bei Biburg die Abens zu überschreiten. Daraus entwickelte sich ein Fernduell mit heftigem Artilleriebeschuss, das bis spät in die Nacht dauerte. Am 19. April wurde durch die Konzentration der bayerischen, französischen und württembergischen Truppen bei Abensberg der Grundstein für den Sieg Napoleons gelegt. Napoleon konnte deshalb am 20. April zum Angriff übergehen. Am Morgen dieses Tages ritt Napoleon in Abensberg ein. Nach der Inspektion der Truppen hielt Napoleon eine flammende Rede an die Bayern. Schließlich begab er sich auf den Hügel, der heute den Namen Napoleonshöhe trägt und eröffnete seinen Offizieren den Operationsplan für diesen Tag.
Der Plan sah vor, die Österreicher endgültig zu spalten und deren linken Flügel Richtung Landshut zurückzudrängen. Marschall Davoust sollte den rechten Flügel der Österreicher bei Teugn und Than beschäftigten. Der bayerischen Division Kronprinz wurde befohlen von Abensberg Richtung Offenstetten anzugreifen und die Verbindung der österreichischen Heerteile zu unterbrechen, während die Division Wrede bei Biburg über die Abens übersetzen sollte um dort die verbliebene Teile des fünften Armeekorps zu vernichten.
Um neun Uhr begann der Angriff der Bayern auf Offenstetten. Nach zwei Stunden traten die Österreicher den Rückzug an. Dieser endete für den General Thiery und zwei seiner Regimenter in Gefangenschaft. Etwa zur gleichen Zeit griff General Wrede bei Biburg an. Seine Division überquerte unter Beschuss österreichischer Artillerie die Abens. Die Truppen rückten unterstützt von den Württembergern gegen Hörlbach und Aicha vor. Nach heftigen Gefechten wurden die Österreicher zum Rückzug gezwungen. Obwohl die Division Wrede bereits zwei Tage im Gefecht stand, bekam sie von Napoleon am Abend des 20. Aprils noch den Befehl Pfeffenhausen zu erobern.
Insgesamt verloren die Österreicher am 20. April circa 10.000 Mann an Toten, Verwundeten und Gefangenen. Alleine 7000 Gefangene Österreicher wurden nach Abensberg gebracht. Die Kämpfe am 20. April waren noch keine Entscheidung des Feldzuges, allerdings machten die Siege der bayerischen Divisionen die Vernichtung der beiden getrennten Flügel der österreichischen Armee möglich.
Die Abensberger Bevölkerung war überaus erleichtert als sich die Kämpfe von Abensberg fortbewegten. Zwar hatten die Truppen enorme Schäden verursacht – alleine am Gut Offenstetten über 14.000 Gulden – aber die Stadt war nicht zerstört. Obwohl in Abensberg über 4000 Verwundete behandelt und laufend neue Truppen einquartiert wurden, sammelten die Bürger 356 Gulden für das niedergebrannte Stadtamhof. Alleine die Abensberger Schützen gaben ihre gesamte Kasse von 26 Gulden als Unterstützung. Als Anerkennung für die Leistung der Abensberger Bevölkerung wurde der Stadt von König Max I. Joseph ein neues Stadtwappen mit zwei gekreuzten Schwertern verliehen.